國教署表示，目前遺失的檔案範圍，僅限於「使用暨南大學招商開發之學習歷程檔案公板模組」的學校中，於9月5日至9月22日期間，有上傳109學年度第2學期「課程學習成果」及「多元表現」檔案到學校平臺，且資料備份在該3臺VM硬碟的學生。經初步評估，受影響範圍共81校、學生7,854人、資料2萬5,210件。

國教署表示，已行文各校延長檔案上傳截止期限，應至少延長至9月30日（包括10月1日以後），學校得彈性延後上傳期限，以確保受影響的學生都能完成重新上傳。國教署將建立專案輔導機制，指定專責人員協助受影響每所學校及學生完成上傳，以維護學生權益。

國教署開放讓第一線教師協助學生重製並上傳未備份的檔案，不過外界質疑，學習歷程原本規定「上傳後不能改」，此舉恐怕讓這段時間來不及上傳，或是想調整內容的學生有機可乘，進而影響公平性。

對此國教署指出，學生原已上傳並經認證的「課程學習成果」部分，重新上傳後將由系統比對確認，結果與原上傳資料相符時，無須再經教師重新認證；比對結果與原上傳資料不相符時，由學生依據原程序於學校平臺重新上傳，並經教師認證即可。

至於學生原已上傳但未經認證的「課程學習成果」，以及無須認證的「多元表現」，因為目前仍處於學生得持續上傳資料期間，故由學生依據原程序於學校平臺重新上傳，並經教師認證「課程學習成果」即可。

教育部長潘文忠表示，針對此次事件受影響師生、家長及學校行政同仁，再次表達歉意，國教署將提供各項資訊並啟動協處措施，以最快速、最便利的方式進行，也請各位受影響的學生可先行檢視檔案資料，維持原件原資料再次上傳系統，系統並會進行相關比對確認。