高中生的校園生活不只有讀書，在校的課外活動表現也會納入大學申請入學的依據，但現在紀錄高中生涯的學習歷程檔案，有2.5萬筆資料遺失，受影響學生7,000多人，現在也引發資料重新上傳形同補考、以及資料會不會再次消失的質疑，而教育部重申111學年度起，學習歷程占大學申請入學總成績至少2成不會改變。

台北大學教務長張玉山表示：「學習歷程事實上，是輔助我們學系上招生的一個工具，所以我覺得適當的一個配分，事實上是對學生、對系上來講是有好處的，目前學校都是依照教育部的一個規定，最低20％的規定，當然也有學系把比例調得更高。」

教育部更說重話，如果有學校不配合，可能會調降申請入學的招生名額，形同強制減招，中國科技大學教務長陳哲烱說：「過去我們本來就很注重第二階段，我們的目的就是說，考試分發已經完全看成績，這一塊我們基本上除了成績，其實我們更希望說能夠看到學生的態度也好，他的實作能力也好。」

教育部一邊滅火、一邊究責，因為暨南大學洪政欣教授研究團隊，將資料向上轉移到新機房時工程師操作失誤，才會誤刪檔案，主要還是人為疏失，跟負責機房設備的中華電信沒有太大關係，新型多元入學方案讓學校不只看考試成績，但系統平台出包，爭議還在延燒當中。