9月23日校園BNT疫苗全面開打，但年輕人接種mRNA疫苗，最怕的副作用「心肌炎」還是發生了。中央流行疫情指揮中心發言人莊人祥表示：「目前有15例這個BNT疫苗接種後，跟青少年相關的心肌炎。」

15人年齡介於12到21歲，當中9男3女，年齡更介於12至17歲，1例只去門診，13人住院後已經康復，但還有1例仍在住院，這名住院個案疑似就是之前嚴重心肌炎的桃園女國中生，9月24日接種，10月5日開始發燒，7日確定心肌炎，裝葉克膜急救，但29日傳出壞消息，女學生疑似腎臟功能嚴重受損，雙腳發黑，可能要截肢。

莊人祥表示：「因為家屬也不希望透露太多，這個部分我們都有掌握這個狀況。」新光醫院家醫科醫師柳朋馳：「葉克膜放上去時間太久的時候，會影響到下肢的一個循環。」

家屬要求下，主管機關異常低調，只是心肌炎案例是否也讓指揮中心更加小心翼翼，第13輪暫時沒讓學生接種第二劑BNT，莊人祥說明：「在ACIP的這個會議，還會再做一次的討論，有關第二劑的意願書，最近會先給教育單位先發下去，先做一下調查。」

是否會像香港只打一劑，亦或將間隔時間拉長，都還要再討論，唯一確定的是屆時如果要打，會如同第一劑，統一到校園為學生們施打。