基層院所申報醫療費的消息傳開後，健保署於8月初發函轉通知基層醫療院所，若民眾只是單純到接種新冠疫苗，沒有就醫，就不可申報醫療費用，如自行檢視有申報錯誤，須於8月31日前洽健保署各分區辦理更正。當時健保署長蔡淑鈴緩頰，可能是宣導不足讓部分醫療院所誤會，會給予「自清」更正機會。

根據《自由時報》報導，截至10月20日，已有409家院所致函自清，共追回3,926萬元。另外，健保署列出3大違規態樣，若保險對象沒有就醫事實、自費健康檢查，卻申報健保醫療費用，以及慢性病患每月就醫，醫療院所未開立慢性病連續處方箋卻提出申報，光是從去年到今年9月，就虛報超過1.2億元費用，目前也開放院所「自清」，若調查才發現違規，則視情節罰鍰虛報金額2倍到20倍及移送檢調。

不過，基層醫療協會理事長林應然也反映，有些民眾會在打疫苗順便諮詢，或要求開普拿疼，或是在拿體檢報告時詢問細節，有時比一般看診還繁瑣。