國安單位查出，中國廈門市人民政府、北京清華大學與台灣清華大學校友會於2014年共設「清華海峽研究院」，該研究院的總部位在北京，具有中共官方背景，且總部在台有技術研發、攬才、投資等業務內容。

2016年清華海峽研究院更在清大承租育成中心的5樓，設立「清華海峽研究院新竹辦公室」以及「兩岸產業促進中心」，目標鎖定台灣高教科研成果，以及幫助中國企業挖角台灣人才、整併兩岸清華人才與研發優勢，新竹辦公室也曾在2017年赴中考察。

有官員透露此舉已違反兩岸人民關係條例第40條之2的規定，強調「新竹辦公室是違法私設的！」且經教育部查處後，發現並無相關報部記錄，呼籲主管機關應儘速開罰。

陸委會主委邱太三8日於立法院受訪時被問及此事，說到今年8月、10月都已收到相關資訊，已函請教育部向清華大學進一步瞭解，後續將協助教育部釐清問題，若違規將依照兩岸人民關係條例處置。清大方面則表示該研究院不屬於清大、僅出租辦公室，相關運作學校也並未參與。