經濟部表示，福島核災後，全世界對於核能使用意見分歧，唯有積極投入發展綠能是全球的共識；此次公投的主文是「您是否同意核四啟封商轉發電」，不是「是否使用核能」，且重啟的前提必須先確認核四到底安全與否、能否運轉、能否保障民眾生命財產。

「資訊必須要充分討論與揭露，而不是片面訴求使用核能，就可以掩蓋核四諸多安全問題的存在。」經濟部指出，主管核安的原能會多次對外表示，核四廠尚未完成所有必要測試與認證程序、核四機組有很大的安全問題，安全有疑慮、現階段沒有達到安全標準。

2013年11月，中央地質調查所已確認核四廠區正下方有2公里S斷層；2019年9月確認核四外海斷層具活動性，推估長93.9公里。

經濟部表示，若核四重啟，須進行核四鄰近海陸域地質再調查，並依調查結果重新評估廠房結構及設備耐震力，確認能否補強；若現有廠房結構經評估難以補強，或室內空間不足供設備進行補強，重啟工程勢必需投入大量的時間與金錢成本，所需時間初估超過10年。

另一方面，經濟部指出，核四廠建照已失效、地質需重新再調查，還有諸多安全問題難克服，重啟期程勢必超過10年，經費也難估計，已不是現階段電力需求的適當選項。

經濟部認為，隨著越來越多國際大廠加入「再生能源倡議組織」（RE100）聯盟、訴求100%使用綠電，綠電已成為產業重要的生產要素，然而RE100要求使用的綠電，主要包括生質能源、地熱能、太陽能、風能與水力等再生能源，並不包含核能，因此核能無助於台灣履行綠色供應鏈要求，反而將製造更多難解的核廢料問題留給下一代。

「RE100」是國際氣候組織（The Climate Group）及碳揭露計畫（Carbon Disclosure Project, CDP）共同發起的氣候倡議行動，加入的企業及非營利組織，必須公開承諾「在2050年前達成100%使用再生能源」。

據了解，台積電2020年7月已經加入「RE100」，是全球第一家半導體企業加入組織，同時承諾100%使用再生能源的長期目標，每年以公開透明的原則，向聯盟報告能源使用狀況。

此外，為了滿足企業對於綠電的需求，經濟部積極布局與推動再生能源發展，滾動盤點未來國內綠電供給與需求，同時經濟部標準局已於2020年4月成立綠電交易平台協助綠電搓合，以滿足企業所需。