朱立倫9月27日曾表示：「就是對民進黨的不信任投票，就是倒蘇貞昌內閣的投票。」九月重掌藍營時，國民黨主席朱立倫信誓旦旦，把公投當倒閣案，當時國民黨的高昂士氣，兩個多月後卻被逆轉。

文大廣告系教授鈕則勳：「國民黨想形塑長尾效應，從刪Q到公投，朱想把層次拉高，命題才是四個不同意，但是當初沒有精細評估，一開始應該守好自己提的兩案就好。」

宜蘭縣長林姿妙11月6日指出：「為了我們宜蘭縣民的健康，我們就是反對我們的核四。」新北市長侯友宜11月29日指出：「核廢料你如果能夠處理，核安又能夠守得住，我們才有資格要談用核電。」

自家縣市長不挺，顯然打亂黨中央規劃，最後不得不容忍，兩好兩尊重聲音並存，當主帥說不清為何而戰，朱立倫威信也受到衝擊。

桃園市議會議長邱奕勝15日曾表示：「我想這個主委很多人來當都非常適合，我當然不是要給主席找麻煩，我也不是辭主委要位子。」

公投倒數階段，邱奕勝以參選桃園市長為由，閃辭市黨部主委，被視為警訊，藍營最大執政縣市新北市狀況也好不到哪去。

朱立倫尋覓市黨部主委，前新莊市長許炳崑、前立委蔡家福、朱俊曉、張慶忠，前國民黨副祕書長江政彥全都婉拒，但侯友宜支持、議長蔣根煌背書的新北市議員林金結，卻被已讀不回，累積的矛盾全都藏不住。

中山大學政治所教授廖達琪指出：「公投也是江啟臣時發動的，朱立倫只給棒子，不給蘿蔔，加上你資源不足，想模仿民進黨，東施效顰。」

國民黨體質先天不良、後天失調，四大公投，考不倒蔡政府，反倒讓朱立倫的領導力，備受黨內挑戰。