指揮中心說明，中研院內部調查發現三項感染暴露風險因子：

第一，實驗操作區與非操作區均存在環境汙染。實驗動物操作，未於生物安全櫃中進行。髒墊料直接置於未封口的袋子，也未放置於加蓋容器中。

第二，個案及其他實驗室人員均曾僅穿著一般防護裝備執行實驗。

第三，個案於脫除防護裝備過程先行脫口罩。

根據以上感染暴露風險因子，中研院研判感染途徑可能有三種：

一、呼吸道直接暴露受汙染的墊料粉塵、染疫動物受刺激而引發噴飛沫或氣膠的環境。

二、手套表面因直接操作染疫動物被汙染，於脫卸防護裝備程序先誤脫口罩時，接觸臉部口鼻等部位而感染。

三、防護裝備外層在操作區遭帶有病毒之物體表面汙染，於脫卸防護裝備程序先誤脫口罩時，使口鼻暴露於脫卸過程而感染。

此外，中研院亦針對：(1)新進人員教育訓練與操作指導；(2)實驗室SOP操作；(3)實驗操作過程監控；(4)個人防護裝備穿卸流程；(5)意外事故通報流程；(6)動物科學應用審核管理規範及感染性生物材料之使用管控；(7)本次染疫事件成因的系統性問題等七大面向，進行制度面及執行面的回顧檢討，並說明若最終調查認定確有違反規定，將依據人員身分別處理責任歸屬及處分。

中研院並提出未來將成立P3實驗室綜合檢討委員會，確實改進P3實驗室的管理運作級生物安全監督查核機制。

指揮中心說明，該中心已於12月17日及19日派員訪談中研院該P3實驗室主管、工作人員、及中研院生安會主委，並於20日上午提交訪談結果及中研院內部調查報告予外部專家調查小組，且安排於23日開會進行審視及討論，預計兩週內提出外部專家小組調查結論及建議；另亦將依《傳染病防治法》第34條、第69條及《感染性生物材料管理辦法》第25條規定，對中研院進行裁處，最高可處15萬元罰鍰，並限期令其改善，屆期未改善者，按次處罰之，並於生物安全疑慮解除前，要求該P3實驗室停止使用或處分相關感染性生物材料。另依前開管理辦法第29條規定，於生物安全疑慮解除，經該院生安會確認後，報疾管署同意後，始得再行使用或處分相關感染性生物材料。

指揮中心另指出，除中研院基因體研究中心P3實驗室已另案調查，其餘國內11家操作新冠病毒之P3實驗室均已於12/17查核完畢，未發現重大缺失。