早在開學前，校內徹底大清消，因為週三（6日）連假結束，全台校園疫情還沒降溫。教育部統計，到4月5日晚間，全台已經99所學校全面停課或部分停課，最多的有國小38校、高中15校、大專院校29校。

教育部長潘文忠指出：「因為目前整個防疫仍然還是以指揮中心所訂的相關規範跟標準，來做為各個學校的依循，那當然學校的運作，包含防疫上的停課等的標準，也會在這上面來全面性做一些參照跟滾動的修正。」

染疫學生人數從去年4月20至今也來到1,667人，以大專校院838例最多。台大醫院小兒部醫師李秉穎認為：「在社區傳染很厲害的時候，學校就會加速傳播的速度，所以我想這個學校目前採取比較嚴格的隔離規定是沒辦法的事情，再加上他們很多都還沒打疫苗，所以如果有社區群聚的風險的時候，學校的作業可能還是要稍微嚴格一點點。」

校園防疫不得不加嚴，各地方政府也有不同措施，台北市到4月15日前暫停畢旅、跨校活動；新北市的小學跨校活動暫停到4月30日，同時停止場地租借；桃園市除了暫停跨校活動，體育課、音樂課恢復配戴口罩；前一波疫情嚴重的高雄市暫停高中以下畢旅、跨校活動到4月30日。

同時疫苗政策也得並進，台大醫院小兒部醫師李秉穎指出：「青少年打了以後，我們是第二劑（滿）三個月開始打第三劑，時間會陸續到期的時候我們就會開始打。」小學生還不能打疫苗，國高中生第三劑時間也還沒到，連假過後，校園生活防疫依舊採取高標準。

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