賴清德以總統蔡英文特使身分，11日上午從松山機場出發，飛往日本東京弔唁日本前首相安倍晉三，由於行程保密到家，及至被日本媒體捕捉到賴清德進入安倍晉三的住處弔唁後才曝光。雖然此次出訪是「私人行程」名義，不過已經是我國自1972年與日本斷交以後，50年來最高層級的赴日特使。

賴清德此行特別的不只於此，11日下午安倍晉三的遺體從家中移轉至增上寺，賴清德11日下午亦在謝長廷的陪同下，前往增上寺上香。當時有許多當地議員、縣市首長與各國使節，紛紛排隊要向安倍晉三上香。

不過賴清德以「家屬親友」身分前往，獲特殊待遇，11日傍晚5點左右抵達增上寺以後，不用排隊即可入內上香致哀。另外，中國駐日大使孔鉉佑則於同日晚間6點多至增上寺，而當時賴清德與謝長廷已經離開。

對此，總統府發言人張惇涵雖然並未對相關行程詳加評論或說明，不過賴清德與安倍晉三以及其親屬為多年好友，賴清德對於安倍晉三不幸離世深表哀悼不捨，並感念他對台日關係的重大貢獻。另外，日本外交部官員向《路透社》透露，賴清德此行是以安倍的友人身分弔唁，但不願透露在日本的停留天數。