綜合日媒報導，事發當天8月20日，男童的父親有事外出，母親因為要幫女兒吹頭髮，視線才離開兒子短短5分鐘，結果人就不見了，母親尋遍家中上上下下，最後驚覺1樓的玄關門大開。母親報案稱，兒子失蹤時身上只穿著單薄的水藍色睡衣，沒有穿鞋子；父親則稱，兒子可能是自己插入大門鑰匙，成功扭開門把後跑出去了。然而當天高岡市發布了大雨特報，男童身高僅80公分，且監視器始終未見男童身影。

當地警消每日派出20至100多人進行搜救，居民也自發加入，最多曾有超過千人在附近搜尋男童下落。由於失蹤現場附近有多條灌溉溝渠，匯入河川後流向大海，有推測指出，男童有可能掉進溝渠遭水流沖走。

在男童失蹤的第15天、9月4日，一名乘船出海的釣客在高岡市附近的冰見市海港，遠遠地見到海面上有疑似兒童遺體的漂浮物，經海巡隊打撈，確認是一具沒有穿衣服的兒童遺體，由於遺體損壞嚴重，無法在第一時間確認身分及死因。DNA比對結果於5日晚間出爐，正是失蹤半個月的男童高嶋怜音，死因則仍待進一步確認。

男童的父母在同日晚間發表聲明，表示「在暑熱之中，真的非常感謝所有幫忙尋找怜音的各位，感謝來自全國各地的溫暖話語與貼心鼓勵，特別感謝那些找到怜音的人。」並表示全家人都為此結果感到很混亂，希望外界給予他們冷靜的空間，委婉回應外界對於男童父母在事發後「過於冷靜」的批評及揣測。