衛福部長薛瑞元：「它會變成陳時中的第二競選總部？又有人在做夢了。」衛福部長薛瑞元再開砲，全是瞄準國民黨這番話，國民黨台北市長參選人蔣萬安：「指揮中心在沒有選舉的時候，就已經充滿政治考量意識形態，與其說是陳時中競選總部，不如說是民進黨競選總部。」

指揮中心被說只會報數據，形同陳時中競選總部，聽在陳時中耳裡當然不認同，民進黨台北市長參選人陳時中：「指揮中心有自己的權責所在，該怎麼做，衛福部會有自己的定見，我現在已經離開了，我尊重他們的決定。」疫情指揮官王必勝也強調，疫情期間的部分疫苗、藥品或快篩試劑的緊急授權，全和指揮中心綁在一起，解散後就形同喪失EUA，全數無法使用，藥品也得全數銷毀。

衛福部長薛瑞元：「我們在考慮的，是指揮中心成立之後，有一些指引命令，它的條件有一些是跟指揮中心存在掛在一起，後面還有很多事情要做。」EUA緊急授權期限是依據《藥事法》第48條之2，期限跟著指揮中心存在，如今疫情還沒真正流感化，新疫苗也持續在採購，加上防疫措施都還沒完全解除，怎麼可能說廢就廢，只能說選舉一到指揮中心存廢，也淪為政治口水。

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