《中時新聞網》報導，9月29日11點左右，位在花蓮港東南方69浬（23-38N、122-49E）的新海研1號向海巡署通報，指出在雷達上發現有一艘不明船舶靠近，辨識後發現是位在花蓮港東南方73浬（23-48N、122-56E）的日本公務船。

海巡署艦隊分署東機隊即刻派遣在花蓮港外的花蓮艦前往，並部署在新海研1號與日本公務船之間，以解決我國船隻作業期間遭干擾之問題。12點時，花蓮艦用英文、日文向日本公務船廣播：「此處為我國專屬經濟海域，請勿在此干擾我方船舶作業。」不過日本公務船同樣廣播回應：「此處為日本專屬經濟海域，請勿進行未經同意之科學研究。」可見我國與日本都對經濟海域的認定不同。

同日晚間9點15分，新海研1號先離開敏感水域，隨後日本公務船也離開，花蓮艦則到晚上10點30分，確定日本公務船已經從雷達螢幕上消失後才離開，對峙長達10小時，所幸花蓮艦戒護期間3艘船都沒有進一步動作。

海巡署表示，花蓮艦確實執行戒護任務，讓新海研1號順利完成此次任務，避免台日衝突發生。新海研1號將持續在外海測站K105進行研究作業，後續也將由恢復台日海域勤務的花蓮艦35噸艇實行戒護。

專屬經濟海域（EEZ）是依據《聯合國海洋法公約》劃定，擁有自本國海岸線算起200海里內的水產、礦物、非生物的探查與開發之權利，同時也應擔負資源管理、防止海洋汙染之責任。而本次發生衝突的海域在花蓮港東南78浬（23-37N、123-00E），就是在我國與日本所重疊劃定的專屬經濟海域上。

新海研1號研究船具備超過40天油水及食物的遠洋研究能力，配備船艏氣象塔、動態定位系統、單音束科學魚探測深儀，以及淺海、深海多音束測深儀及水下定位系統，可進行海上定點及精準的水深與地形研究，目前以大氣、海洋的聯合觀測為主，並由現有海洋研究船的管理營運學校台灣大學管理營運。