文化部表示，安平古堡內有兩處國定古蹟，分別為「台灣城殘蹟（安平古堡殘蹟）」與「熱蘭遮城城垣暨城內建築遺構」。文化部2021年8月委託成功大學進行調查，認為這兩處古蹟應為同一遺構。接著文化部於2022年8月26日、第9屆「古蹟歷史建築紀念建築審議會」上，決議將前述兩處古蹟合併，並更名為「熱蘭遮堡遺構」，預計於今年11月完成法定公告程序。

至於「安平古堡」是否隨之更名？文化部說明，安平古堡是觀光地區名稱，從日治時期即有此名稱，「安平古堡」並不是古蹟，因此沒有更名問題，只是古蹟名稱修正，景點名稱「安平古堡」不變。文化部也舉例，如台南市的台灣文學館，所在地為國定古蹟「原台南州廳」，而台北市西門町的中山堂，則位在國定古蹟「台北公會堂」，安平古堡也沿襲上述狀況，不影響其稱呼。

面對民眾反彈，台南市府文化局長葉澤山說明，本案只是文化部國定古蹟的更名，古蹟名稱歸古蹟名稱，旅遊景點還是會採取民眾熟知、約定俗成的稱呼，比如另一熱門景點「億載金城」，在文化部文資局的國定古蹟名稱為「二鯤鯓砲台」，不過大家還是會稱其億載金城，這也是最好的例證。