檢方本案共起訴四大案情，其中趙藤雄涉及三項，包括台北大巨蛋弊案、新北土城與新莊土地開發弊案，遭檢方依證券交易法公告申報財報不實罪、非常規交易罪且犯罪所得達1億元以上罪、特別背信罪且犯罪所得達1億元以上罪、商業會計法故意隱匿會計事項不為記錄罪、填製不實會計憑證罪、貪汙治罪條例不違背職務行賄罪、刑法背信等七罪起訴。

一審宣判前，合議庭為防止重要被告棄保潛逃，依刑事訴訟法對八名被告裁定延長限制出境禁令到2023年6月，延長限制出境者有趙藤雄、趙信清、李述德、許銘文、許自強、周勝考、洪嘉宏及黃慶銘，其中六人否認犯行，洪嘉宏、黃慶銘兩人認罪。

檢方2017年起訴求處趙藤雄三案共24年徒刑，當時趙藤雄被羈押四個月移審，獲准5.5億元交保，趙家僅約半小時就把現金湊齊送到法院清點；趙藤雄原本每天都要去派出所報到，2020年以健康欠佳為由，聲請降低頻率為每周一次，法官最終折衷為每周四次，但裁定增加保證金4.5億元，包括現金2.5億元，趙藤雄兩個兒子還須各出具1億元保證書。