國安局長陳明通指導論文陸續爆出抄襲案，論文門被認為拖累綠營選情，輿論更讓台大的學術光環蒙上一層灰，日前有立委在質詢教育部長潘文忠時，要求應全面徹查陳明通指導的173篇論文，潘文忠則表示，沒有一個國家因為個案而要求全面執行，「不要因為有個案，就讓台灣的學術從此進入國家的管制」。

潘文忠7日出席教育年會，會前受訪再被問到陳明通論文問題，潘文忠重申，學術學位是榮譽也是責任，論文寫作要維持學術品質。潘文忠說，學術論文寫作如有學倫爭議，目前有《學位授予法》以及〈專科以上學倫處理要點〉可規範，各大學系所都是依照以上兩項要點進行審查，在大學自治的前提之下，教育部仍希望改善整體措施，將與公私立大學協進會會商，明年1月大學校長將討論爭議個案，希望能討論出共識。

陳明通擔任台大國發所所長20多年的時間，一共指導過173位碩博士生，包括前新竹市長林智堅、桃園市長鄭文燦、前國發會主委陳美伶、屏東縣長潘孟安都在內，還有民進黨立委邱志偉、郭國文、沈發惠和高嘉瑜。

而高嘉瑜6日錄節目上快嘴表示民進黨內已經有共識，陳明通很快就會下台，7日一早她在立院接受聯訪時表示，當晚就透過臉書貼文澄清，新聞標題與她受訪語意重點不同，原意是內閣很快將進行改組，她已經反省，並向陳明通公開致歉，「作為老師，通師一項關懷愛護學生，高嘉瑜對恩師沒有或忘，因此對今日新聞造成風波一事，深感抱歉」。高嘉瑜透露除了公開貼文，也傳訊息給陳明通親自道歉，獲得陳明通的體諒，還交代她要「好好照顧自己」。