同屬「慈濟學校財團法人」的慈濟大學與慈濟科大，規劃今年8月以「慈濟大學」為名合併，如果成功，將是繼康寧大學與康寧醫護暨管理專科學校於民國104年合併後，台灣另一起普通大學與技專合併的案例。

教育部回應，「慈濟學校財團法人」已於111年10月14日將合併計畫書函報教育部，目前正在審議程序中，按照計畫書規劃，兩校採「存續合併」模式，也就是合併後選擇一校存續，另一校變更為存續學校的一部分，或是分校、分部等。慈濟預計合併兩校為「慈濟大學」，形成3個校區，包含原慈大的2個校區，以及科大的一個校區。

外界關注師生權益，教育部表示，學校法人依「大專校院合併處理原則」規劃，在合校後的相關規章未訂定前，基於信賴保護原則，過渡期間須適用原本兩校的規定。教育部也提到，學生如對科技大學與一般大學合併後，歸類於一般大學有不同意見，可到兩校網頁建置的「合校作業專區」反映，將意見提送合校工作委員會。