民眾在「靠北台鐵」臉書社團揭露，4月29日EMU3000型新自強號交接紀錄，寫明ATP無法開啟、黑屏只剩游標，台鐵卻未更換編組，並稱「北上列車用不到南端ATP」，指示司機員隔天出車，遭到司機員拒絕，拖到最後才換編組，主管還在事後傳訊建議該名司機員「圓融一點」。

台鐵局說明，該列車因前一日運用時發生ATP故障，依規定速限（60公里/小時）回送至潮州基地內高雄機務段維修，但機務段未予修復，也未立即做後續編組替換工作，導致司機員辦理出庫檢查時，發現非本務端ATP故障，依規定要求機務段更換編組造成開車延誤。

台鐵強調，司機員依規定當下要求更換編組維護行車安全，處裡得宜交辦予以敘獎，強調絕無施壓開車情事，交通部長王國材則回應，列車只要ATP有故障就不能夠出車，「司機員做了一個很正確的決定」，而標準作業程序中是安全改革最重要一部分，未來也會繼續請台鐵主管落實。