文化部表示，文化部已多次對外說明，行政院於2008年核定北流興建經費45億元，由文化部委託北市府代辦，北市府不僅工程延宕，又發生未經行政院同意增加經費，卻自行發包施作的情節，行政院雖於2018年勉予同意擴增預算至60億元，但於核定函白紙黑字清清楚楚寫明「本案計畫期程原自94年至97年，經多次函報修正計畫展延至108年，延宕11年之久，應確實督導監控各項進度，不得再次展延」。文化部於函轉行政院核定函時，亦寫明「請貴府極力避免不必要之變更設計、浪費公帑及展延工期等情事」。此外，代辦協議書亦清楚明定「應以核定預算為限」。

文化部表示，依據北市府自行所提1.9億元內容，包含工程分為4件標案（「北基地連續壁工程」、「北基地主體工程」、「南基地工程」、「北基地零星工程」）發包，超出專案管理服務期程1,859日服務費、新增「升降舞台」專案管理服務費，以及4件標案發包辦理多次變更設計費、展延工期1,588日監造服務費等。

文化部強調，北流於2020年風光開幕，北市府卻於2021年提出要求文化部支應履約爭議的「不足經費」，亦即北市府也清楚明白1.9億元款項超出「核定預算」。再從北市府自行提出的1.9億爭議內容來看，亦可證明是因北市府「自己」不當分包工程、未妥善規劃以致多次變更設計、工程展延所造成，確實完全違反行政院同意新增經費所要求事項，因此所增經費依規定必須由北市府自行承擔。

此外，北市府在去年4月及6月便已獲得調解結果，確認爭議款項屬北市府責任，應予以支付廠商，自此若不付款，即產生所謂每月80萬元利息。柯前市長卻將如此明確「不合符合行政院核定預算規定」、「爭議款皆因北市府不當處理工程」、「每月須支付80萬元利息」的真相，推責於文化部，文化部表示甚感不解，對此予以嚴正澄清。