台鐵局長杜微與曾參與「福知山線事故」改革的日本專家等人，在31日上午前往台鐵富岡機廠勘查太魯閣號事故車廂，盼能與彼此汲取經驗，「太魯閣的眼淚」發言人王薇君也一同前往。不料王薇君在第8節車廂中看到一件衣服，掀開來竟發現，竟然有一片手掌大的罹難者的頭蓋骨。

由於事故已經過去2年多，竟然還可以在車廂內發現受害者的遺骸，讓王薇君和現場人員都感到相當訝異，王薇君也回憶起當年協助修復死者遺體的悲傷回憶，忍不住鼻酸落淚。王薇君說，因為遺骸的特徵，所以能得知是人類的頭蓋骨，且遺骸並非藏在隱匿之處，加上車內也有不少民眾的物品，卻沒有好好蒐集起來，讓她不滿當時的災害防救單位怎麼會以如此草率的方式進行蒐證，稱「我完全無法接受」。

王薇君當場要求台鐵局長杜微要再找仔細尋找車廂，查看是否還有遺骸以及遺物。台鐵局長杜微解釋，因為當時檢察官蒐證、封鎖，所以不能觸碰車內物品，車廂後來才還給台鐵，杜微允諾，未來會安排檢查，以確認車廂內是否還有罹難者的相關物品。

針對此事台鐵說明，事故發生後，檢警、運安會等單位封鎖事故現場，進行多次全面搜索，完成整個事故報告後，運安會於2022年3月15日將事故車輛交付台鐵局現況保存，台鐵局將儘速會同檢警單位搜尋車上是否有其他遺物。

交通部長王國材表示，已請台鐵盡速跟檢調單位到車廂檢視，「如果今天找到的確定是頭蓋骨，可能要趕快做DNA檢定，還給罹難者家屬，這是最該進行的兩件事」。