中研院院士陳培哲認為，政府成立疫苗國家隊，給人觀感卻像政府幫高端開法說會，「指揮中心成為股價炒手」，批評「以國家力量主動扶植某家公司，是很奇怪的作法」，稱政府介入過深，讓高端疫苗透過滾動式審查、不記名投票協助廠商取得「緊急使用授權（ＥＵＡ）」，又花數十億元採購，失去公平、公正及科學專業的客觀性。

薛瑞元今出席立法院社會福利及衛生環境委員會，在會前接受媒體聯訪，大動作回擊稱陳培哲是科學家，要講求證據，「我希望他指出來指揮中心到底是誰在炒股，把人講出來」，認為中研院院士雖然非常尊貴，但是沒有言論免責權，「他自己講話要小心一點，不能做這種沒有證據、有失科學家基本原則的胡亂指控」。至於是否提告，薛也強硬表態「等他講出來，我們看著辦」。

針對外界批評政府採購快篩試劑過多、浪費公帑，薛瑞元回嗆「這是事後諸葛」，這類物資購置時無法估計這麼準確，採購防疫物質只有不夠或是太多，「我們寧可過多，不能不夠，因為這是攸關人命的事」，感嘆講這些等於白講，這為這種行為很沒有同理心。