根據《鏡週刊》報導，今年6月才接任衛福部祕書處長的許朝程疑似有婚外情，說明許朝程在擔任新北市衛生局副局長期間，就與一名已婚的陳姓女下屬有染，雙方的關係延續至今，在今年10月30日、11月20日，還被拍到在車內獨處，並於相處期間撐傘，讓他人無法從擋風玻璃看見車內的狀況。

對此，許朝程向《鏡週刊》解釋，自己與陳女只是老同事，許朝程說，2人多年前就有被傳過緋聞，近日陳女為了學校的研究計畫到衛福部找資料，偶爾會到他辦公室借網路，表示自己被「蹭網路」也很為難。至於2人為何私下會碰面？許朝程說，下班後會順路載陳女去搭車，並澄清就算私下有聚會也有其他共同友人在場，屬於正常的社交禮儀。

不過許朝程現職為衛福部祕書處長，外界好奇此次事件是否會影響衛福部業務？對此，衛福部公關主任柯美妃表示，許朝程在公務表現上主動積極，由於這屬於私領域事件，無涉業務執行，衛福部不便評論。