根據日本國土安全省昨（2日）晚間記者會提供資訊，事故發生在當地時間2日傍晚5時47分，從北海道新千歲機場出發的日本航空516航班，在東京羽田機場C跑道著陸後，在跑道上與海上保安廳羽田航空基地所屬的固定翼機MA722發生碰撞，前者全員逃出，但後者機上6人，5人罹難、39歲機長宮本元氣逃出後仍有意識，但嚴重燒傷，已送醫治療。

日航公司強調，客機獲得降落許可，國土交通省官員亦證實，航管員對日航客機下達在34R跑道降落的許可，同時指示海上保安廳飛機滑行到C5點等待，負責調查事故原因的國家運輸安全委員會將針對相關錄音進行調查。

消防人員花了約8個小時才撲滅熊熊火勢，兩機機體幾乎被燒個精光，增加後續調查難度。而羽田機場4個跑道，除了事發的C跑道外，另外3個跑道已在當地時間3日上午11時恢復營運。

另外，有俗稱「火腿族」的業餘無線電愛好者，在「Live ATC空中交通管制」聽到，相撞事件發生後，另架飛機機師以顫抖的聲音說：「跑道34R著火了。」