根據《總統副總統選罷法》規定，總統候選人的選舉得票數達當選者票數三分之一以上，每票可拿到30元補貼，當選組合「賴蕭配」以558萬票獲1.6億元、其餘兩組「侯趙配」以467萬票拿到1.4億元、「柯吳配」則以369萬票拿到1.1億元補助款。

賴清德在民進黨中常會指出，1.6億元選舉補助款將分成三部分全數捐出，第一，其中三分之一按照中央黨部要求繳回；第二，提供給創黨及建黨黨員的生活照顧及年輕黨工作為做為出國或國內進修使用的獎勵金、獎學金；第三，捐助公益及公共使用，他表示秉持以往，過去從國代、立委、市長的選舉補助款都是這樣處理。

侯友宜今（18日）上午在新北市五股視察二重疏洪道工程，受訪時被問到補助款如何運用，他說選舉的補助款都回捐給國民黨黨部，由中央黨部統籌規畫，也會建議黨中央可以妥善規劃，多照顧弱勢、讓年輕人多關心公共事務，推動各項能讓國家往前走的事項；至於這次失守本命區最主要的原因，侯友宜坦言會面對大家檢討的聲音，也感謝主席朱立倫、不分區立委韓國瑜等人助選，強調「最大的原因是侯友宜，不是別人」

被問到對於賴清德退出新潮流的看法，侯友宜指出，台灣需要團結，不分你我、更不要分黨派族群，這也是他五年多前出來從政最大的心願，期待賴清德當選總統後以民為天、國家第一，黨派都是擺在最後，這才是能讓國家團結最重要的一股力量，他也喊話賴清德不管建設或國家未來的願景，絕對不要分任何顏色，團結台灣才能面對外面挑戰，「賴總統這一點你要做到」，這才是能夠讓台灣永續繁榮安定最大的目標。

至於柯文哲選舉補助款約1.1億元，民眾黨發言人李頂立表示，這筆款項主要會用在政黨維持營運的經費，包含政黨、立院黨團及地方經營等，也會運用在柯文哲走訪全台灣蒐集民意的計畫中，部分則將用來做公益。