雲林地檢署接獲雲林縣衛生局函送濟生斗六廠銷售紅辣椒粉含有蘇丹紅案件後，隨即組成專案小組偵辦，於26日至濟生總公司、斗六廠、新莊廠等處進行搜索，並通知陳姓公司負責人、陳姓經理、斗六廠研發處郭姓處長、斗六廠郭姓研發人員等9名公司員工到案說明。

檢方查出，濟生斗六廠品管人員將紅辣椒粉原料寄送台灣檢驗科技股份有限公司（SGS公司）食品實驗室檢測，檢出原料含有蘇丹色素3號，郭姓研發人員接獲報告後，隨即轉知郭姓處長等人。

郭姓處長明知蘇丹色素3號屬國際癌症研究機構（IARC）致癌性分類第3類物質，也不是《食品安全衛生管理法》核准的食品添加物，依法不得檢出，卻為了順利將四合一調味粉出貨給全聯公司，而變造SGS公司檢測報告，藉此取信、出貨給全聯公司，並販售給消費者。

檢察官漏夜複訊後，認為郭姓處長、郭姓研發人員涉違法《食品安全衛生管理法》、《刑法》行使變造私文書罪，犯罪嫌疑重大，且有勾串、滅證之虞，於27日清晨6時許，向雲林地方法院聲請羈押禁見；陳姓公司負責人、陳姓經理及其他3名職員，則分別給予150萬元至2萬元不等金額之交保。