賴清德即將在5月20日就任總統，根據《自由時報》報導，賴清德內閣人事預計在4月12日公布，其中行政院長將由卓榮泰擔任，鄭麗君則任行政院副院長，現任國發會祕書長龔明鑫則為行政院祕書長，競選期間擔任賴清德競選總部發言人的陳世凱，則成為行政院發言人。

報導也指出，卓榮泰雖然不是賴清德的「夢幻人選」，但是賴清德的「可靠人選」之一，卓榮泰也是賴清德「讀書會」的成員，卓不喝酒、錢財清楚，受到賴的肯定；鄭麗君則在競選時擔任政見整合負責人，最了解新政府國政規劃。和內閣人事連動的總統府祕書長、民進黨祕書長，將分別由潘孟安、現任內政部長林右昌擔任。

重要的國安體系部分，總統蔡英文和準總統賴清德都有「穩定、傳承」為優先的共識，擬由現任外交部長吳釗燮回任國安會祕書長，現任國安會祕書長顧立雄出任國防部長，他也將成為台灣第7位「文人部長」，現在國安局長蔡明彥則將留任。