地震測報中心主任吳健富指出，25日凌晨地震與0403系列地震無關，屬於另一個獨立的地震，其震央位在南澳海盆。他解釋，南澳海盆是菲律賓海板塊開始向下隱沒至歐亞大陸板塊下方所形成的一個海盆，常有地震在此發生。

吳健富說，這個地區的地震特性是深度多在20至40公里之間，屬於淺層地震，震源機制多屬正斷層形式，規模較大，會造成全台各地都有感，但因距離陸地較遠，因此除了較靠近震央的東部地區外，振動影響程度較小。

至於為何台北感受特別大？吳健富舉例，假如南澳海盆地震花蓮當下是3級左右的震度，本到其他地區多會在1至2級，只是地震發生在較為安靜的凌晨，若住在台北盆地或是較高的大樓，因為場址效應跟大樓效應振動，會有放大效果。