根據《CTWANT》週刊報導，去年8月14日曾同學收到學校註冊組電話，通知他碩士被取錄取，他立刻到學校繳交專業證照準備畢業，不過他到系辦卻發現現場一片混亂，並得知他錄取原因，是有5名正取學生沒在8月11日前完成註冊和繳費，讓系上人員忙著找解決辦法。

曾同學原本不以為意，正要開始碩士生活，不料晚上又接到註冊組長來電，表示「因校方行政疏失，以為正取學生未完成繳費程序，因此他喪失錄取資格」，讓他相當傻眼，趕往學校時，組長不斷推託，系主任也出面希望他先保留學籍，在系上修研究所的課，明年再復學，強調學校一定會想辦法讓他回來。

曾同學無法接受校方做法，後續學校高層介入後，竟要他不要申訴，更特別希望他不要在社群平台談論此事，隨後暗示曾同學只要不提申訴，就能留下來繼續做實驗，明年再考，「有默契讓你考上」。曾同學仍向校方提起申訴，但無用，到教育部提訴願也被駁回。

教育部雖然承認有學生未在註冊期限內繳費註冊，但曾同學本身是備取資格，所以沒辦法向學校提出恢復錄取資格，曾同學相當不滿，校方「忘了」曾通知他錄取一事，讓他決定拿出積蓄，對學校提起行政訴訟。南臺科大對此表示，相關案件已經進入司法程序，學校不便對外說明，待後續結果出爐，會再統一對外說明。