謝長廷表示，很遺憾在他任期快要結束時，有一艘台灣漁船遭到日本逮捕，過去8年雖然有漁船被驅離，但遭逮捕是8年來首次，對此他深感遺憾。謝長廷表示「我的任期也快到了，要講一點得罪人的話」，直言「不該縱容少數違規漁船，破壞台灣與大多數漁業界的利益，因為台灣的漁船大多數都是守法的」。

謝長廷說，台日間有漁業協定，也保持互信關係，通常我方漁船若有越界，日方會先警告，我方海巡署船隻也會通知漁船退出，不過日方這次會逮捕船長「是非常例外的」，通常是因為屢勸不聽。針對日本要求繳交擔保金，謝長廷說明這筆擔保金是保證船東未來必須出庭接受審判，除非棄保，不然仍可拿回來。

而關於船東譴責日本「比中國更土匪」，謝長廷感到非常遺憾，因為就算按照台灣自己劃的界線，該漁船也算是越界，海巡署無法前去支援，因為是在界線以外，台日之間有漁業協議很不容易，雖然有些有爭議的地方，但這個地方是沒有爭議，該漁船就是越界。