台北地檢署9月5日被法院裁定涉嫌貪污圖利罪嫌重大，而且有可能犯違背職務收賄等重罪，裁定羈押禁見2個月，不過檢察官調查發現，柯文哲除了在被搜索前，曾經聯繫涉案官員聊到案情，有勾串事實之外，柯文哲貼身秘書許芷瑜疑似也握有相關捐款帳冊，並經手巨額款項，但許芷瑜卻在8月底出境日本後，拒絕回台，因此在今（25日）對許芷瑜發布通緝令。

另外，柯文哲雖然目前已經不是台北市長，但對老部屬仍有實質影響力，因此向法院聲請延長羈押柯文哲2個月。副市長彭振聲則因接受柯文哲指示，負責督導京華城容積案，涉嫌圖利罪，但他從9月1日收押後，12次提訊供詞和其他共犯不一，且有滅證跡象，也被聲請延長羈押，台北地院將由法官收案後，決定開庭時間。

對此，民眾黨團立院總召黃國昌表示，他剛聽到消息非常震驚，當初柯文哲選擇不要抗告時說得很清楚，讓檢調押2個月、配合調查，但現在押了兩個月找不到證據，「要繼續押人取供喔？」黃國昌批評，這樣是違反人權。