根據農業部原本規劃，除了提供鮮奶、保久乳給學童之外，也有無乳糖鮮奶及含鈣豆漿給乳糖不耐症的學童選擇，但因為無乳糖鮮奶沒有廠商願意承作，所以僅有鮮奶、保久乳、含鈣豆漿可選，不過有超過8成學校選保久乳，導致保久乳供應不足，有學校只好改成鮮奶。

但含鈣豆漿招標作業仍未完成，讓有乳糖不耐症的學童只能看著同學喝，引發部分家長不滿，近期有高雄市國小發出通知，表示豆漿的招標作業還未完成，為顧及學生權益，只能全數發放鮮奶，但這樣有乳糖不耐症的學童喝出問題怎麼辦？也有學校家長會自行添購豆漿給學生，為了照顧每一位學生心情，所以由家長會先購買豆漿。

農業部畜牧司長李宜謙表示，含鈣豆漿已經在10月22日完成招標，有一家業者符合資格，目前正在辦理評選作業，如果一切順利，預計可在11月底前開始供應，含鈣豆漿會以保久乳包裝形式發送，後續如何配送會再與得標廠商討論，對於有學校一律發放鮮奶，李宜謙指出，學校營養師應該會審慎考量。