行政院長卓榮泰指出，這是史上首度行政院收到未明列總刪除數的總預算案，且《財劃法》修正案有明顯瑕疵，與總預算案有競合關係，如今兩案一併送到行政院，將引發生效前後順序爭議，行政院將研議合法合憲的救濟方式。

對此，國民黨立委翁曉玲批評，卓榮泰3次提出覆議案均遭否決，如今還厚顏無恥地領導行政院，難怪算不出來三讀通過總預算數額，難道主計總處沒有預算會計資訊系統可計算？數位發展部的AI科技人才無法發展一套系統計算？或是各部會也可用計算機一筆一筆計算出來，「連基本的加減乘除都不會，金額還看不懂的行政院，誰會相信它有能力來管理國家大事？這種程度，難怪也只能搞罷免」。

翁曉玲表示，真後悔沒有堅持多刪行政院預算，給予中央2兆多經費竟算不出來，難道是錢太多，算錢算到手軟嗎？稱卓榮泰其實不必講這些可笑的理由， 只會凸顯更荒謬、無能而已。