前新竹市長林智堅2022年參選桃園市長時，被余正煌指控台大碩士論文涉嫌抄襲，林智堅對此開記者會稱，當時是擔任調查局調查官的學長余正煌在趕畢業年限，所以教授陳明通把他的民調數據等資料，提供給余正煌當作參考。

陳明通多次出面力挺林智堅，但台灣大學最後還是宣告撤銷林智堅的學位。余正煌不滿林智堅的說法，委託律師對林智堅提告違反《著作權法》、加重誹謗等，其中余正煌在法院提出自訴的部分，經法官開庭調解後，雙方達成和解，林智堅捐款30萬元做公益，換取余正煌全面撤告。

另外，加重誹謗屬於刑事案件、妨害名譽為告訴乃論罪，經確認余正煌不再追究後，林智堅獲得不起訴處分。根據《聯合新聞網》報導，余正煌被指控，找親人、朋友投資股票，吸金約5,000萬元，余正煌否認有吸金，經檢方漏夜複訊後，今（26日）清晨依違反《銀行法》，諭令余正煌以50萬元交保，並限制出境與出海，全案仍在偵辦中。