據中山大學學生會調查，在940名學生參與的民調中，有723人（約76.9%）反對或非常反對合校，僅7.6%的學生保持中立態度，其主要原因為擔憂合併後學術聲譽可能會降低，入學成績和課程設計的差異可能影響學習質量，學生也擔心學校資源會被稀釋，且校名的辨識度會下降。
高雄大學在學生會調查，共745名學生參加調查，有641人（約86.1％）支持或偏向合併學校，9.3％反對，4.7％中立。高大學生認為，合校對就業、課程選擇及將來就業都有正面影響，但也擔心話語權的不對等，可能影響科系整合與資源分配。
另外，在合併學校的校名部分，兩校學生意見則較為相似，中山大學超過9成的學生希望保留「國立中山大學」名稱；而高雄大學也有超過半數學生支持此名稱，但也有46%的學生希望兩校名稱並列。
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