教育部發出4點聲明，第一點，教育部表示經過調查，9月中旬，國教署委託國立暨南國際大學將學校使用之學習歷程公版模組，配合資通安全管理法之規定進行向上集中，逐步搬移到新機房內的虛擬主機VM；暨南大學團隊於系統搬移到新機房運作十餘天之後，因系統更新而重新開機，發現其中少數VM的硬碟設定失誤，造成部分檔案無法連結。

第二點，教育部說明目前遺失的檔案範圍，限於有使用學習歷程檔案公板模組的學校中，於9月5日至9月22日期間有上傳109學年度第2學期資料到學校平台的學生，目前教育部初步評估，受影響的範圍為學校81校、學生7,854人，比25日稍早傳出影響118校、上萬名高中生還要少，而資料受到波及的部分，則有2萬5,210件，其中資料包括課程學習成果9,793件、多元表現1萬5,417件。

教育部解釋，學生於9月5日以前上傳的資料都有備份，且受影響的學校也只有使用國立暨南國際大學將學校使用之學習歷程公版模組的學校，其餘學校的學生皆沒有受到波及。

第三點，教育部說明國教署目前採行的因應措施，已要求廠商全力救援硬碟資料，請專業技術人員持續處理中；廠商也已於9月24日同步以電子郵件逐一通知受影響學校，提醒學生登入學校平台確認，如果資料有異常，可重新上傳檔案。

教育部也表示，國教署已掌握受影響的學校、學生及資料清冊，將分別提供給各校，以利學校輔導協助學生檢視及重傳資料，而目前仍在學生可上傳109學年度第2學期學習歷程檔案資料至學校平台的時間範圍內，所以，學生檢查及重傳資料後，將不影響其權益。

第四點，教育部指出國教署已清查各相關設備，避免相關錯誤造成影響，另為防類此風險再次發生，自25日起，將加強資訊人員每日雙人檢視備份狀況、同時再強化多重備份機制（同機房、異地），增加資料保護強韌度，後續並將依契約規定，追究廠商責任。

教育部也表示，國教署對於此次事件造成學校師生困擾及負擔，深感歉意，後續將以維護學生權益為最優先考量進行後續處理，並避免類此風險再次發生。