清華海峽研究院開幕典禮，看似學術交流，卻又是中國紅色滲透，觸角從我國清華大學伸往高科技產業重鎮竹科。陸委會主委邱太三表示：「後續我們會協助教育部，來對問題來做釐清，如果有違規的部分，我們也會依兩岸人民關係條例來做處置。」

陸委會掌握相關情資，清華大學校友會跟中國廈門市政府，以及北京清華大學共同設立清華海峽研究院，未經許可，從2016年起透過自強工業科學基金會，非法在我國清大校內設立新竹辦公室，中共組織進駐我國校園，幫中國企業挖角台灣人才，鎖定台灣高科技產業竊密。

行政院長蘇貞昌表示：「我們的國家自己救，我們一定要處處防禦，如果有任何滲透破壞或謀不軌，我們一定會依照國家法律機關組織職能，我們一定要大家防護好。」

台灣高科技產業遭中國鎖定，清華大學表示，這個機構不屬於校方，也未曾知悉參與運作，校友總會也說，跟清華海峽研究院沒有任何接觸與合作，校友受邀出席是個人行為，而承租的自強基金會董事長盧崑瑞則稱，清華海峽研究院已有相當長一段時間未曾運作，今年底租約到期後也不再續租空間，試圖撇清關係。

民進黨立委趙天麟表示：「這樣的合作也事實上去影響，我們的技術跟人才的外流，所以他已經完全明顯觸法，應該要嚴加追究。」中國滲透無孔不入，從國軍到校園，一點一滴挖空台灣，國安單位必須嚴加戒備，國人更要有所警惕。