因應國際疫情及Delta變異株威脅，指揮中心於9月加強機組員檢疫措施，完整接種疫苗之長程航班機組員適用「5+9」，其中居檢第5天的PCR檢驗，只能採集鼻腔和咽喉合併拭子樣本，不能以深喉唾液取代。就有機組員指出，這項侵入性檢查容易對身體造成傷害，甚至有機組員在執勤過程中，因氣壓變化流鼻血、出現後遺症，影響飛航安全。

交通部民航局副局長林俊良16日在例行記者會中表示，機組員在居檢期滿，必須得進行鼻咽拭子採檢，「造成他們滿大的痛苦」，且一個月得進行好幾次，民航局確實有注意到，也認同，因此已經在上月底行文指揮中心，希望能以深喉唾液的方式取代，目前指揮中心仍在評估中。

另外，桃園機師職業工會10月底發起「黃飄帶運動」，訴求「居檢不派飛」、「每月3天喘息日」，希望指揮中心和交通部正視機組員身心健康。對此林俊良表示，上月底、本月初航空公司和工會多次溝通，希望可以在既有的派遣上做到緩解身心健康的措施，讓機組員在台灣能有較多喘息日、自由日，但因為不同機隊有不同人數調度，目前仍在持續進行溝通。