民眾黨在本次公投主張「兩好兩壞」，黨主席柯文哲於公投前一天的公投之夜表示，希望可以透過務實、理性的討論，找到解決問題的方法，做出對台灣長久有利的選擇，他表示：「可是這段時間以來，我們看見公投變成政黨和意識形態對決，甚至不惜變造公投原文。」

柯文哲也批評民進黨政府2012年反對萊克多巴胺，如今卻同意萊豬進口，直批是「雙標」行為，他也指出，公投只用四個圈、四個叉，就輕易決定國家政策，「但去脈絡化的政治鬥爭只會阻礙民主進步，台灣的未來要何去何從？」

而18日上午9點30分柯文哲前往金甌女中投公投票，面對媒體訪問到這次公投，民眾黨的聲量都被藍綠「吃掉」，柯文哲表示，現在理性、務實的氛圍，在台灣政治不是被高度讚許，並舉例德國人在1933年選出希特勒，到現在選出梅克爾，雖然梅克爾看起來不是魅力型領袖，但如果務實來看，他指出，對於民主社會進展比較好，所以德國人民從選擇希特勒到梅克爾，這是要一個社會的進步。

而針對總統蔡英文臉書將「反萊豬」寫成「反美豬」，柯文哲再次批評，表示：「總統帶頭說謊造假！」將反萊豬變成反美豬，並指出「這就是認知作戰，就是說謊造假」，他表示總統應該要出來道歉，而不是一副「不然你想怎麼樣」的樣子，還說：「我最討厭這種態度。」