民眾在衛生所前大排長龍等著拿居隔通知單，可是有些人直到解隔離，居隔單都還沒到手，指揮中心和政委唐鳳合作優化確診個案疫調回報系統，5月25日開始，民眾就可以線上下載快篩陽性證明和接觸者隔離證明。但在優化過程中，有些民眾資料卻消失了。

李小姐投訴：「衛生局啊、衛生所啊都去詢問過了，就是沒有那個資料，會曠職啊！就是因為曠職，我還特地去衛生所拿號碼牌排隊，排好幾個小時欸！」拿不到證明，上班族被記曠職。

還有高三學生準備大學個人申請二階段甄試也受到影響，全國高級中等學校教育產業工會秘書長許麗吉指出：「有些學生他的居家隔離證明沒辦法在大學規定的期間內拿到，而這個不是他個人因素造成的，是我們的疫情指揮中心的系統裡面一直找不到他的資料。」

有名女高中生因為家人確診，她從5/18開始居隔，因此無法參加三間大學面試，要改為審查書面資料，校方要求提供接觸者隔離證明，但她在數位證明平台和衛生所怎麼查，都查不到自己的資料。

中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中表示：「有時候他的證明文件一時沒辦法提得出來，那跟我們在講說請假的那個事情一樣，大學均會同意由考生簽立切結書並於事後補件的方式，這個彈性是一定會給的。有些個案遇到一些資料的遺漏，或數位證明資料沒有辦法，查無資料等無法歸責於考生的情事，也有人來跟教育部反應。」

指揮中心坦言，5月18日前後，的確因為系統優化作業，有許多縣市接觸者資料遺失，而且可能救不回來，必須要確診者重新填寫，而指揮中心資訊組已經在5月26日和各縣市討論補救措施。

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