安倍晉三的遺體於11日下午移至東京鐵塔附近的增上寺，12日當地時間下午1點至2點半在增上寺舉行葬禮。由於安倍晉三膝下無子，因此由夫人安倍昭惠擔任喪主。先前曾一度傳出將以國葬方式舉行，不過最終仍由親屬以家族葬禮方式，送安倍晉三最後一程。葬禮上出席的有岸田文雄與多位自民黨內政要，自民黨副黨魁麻生太郎則在葬禮上發表弔詞。

11日晚間增上寺進行守靈，除了多位政經界重要人物、國外使節前往外，還有多達2,500名的一般民眾前往致哀；自12日上午9點開始，仍有許多民眾前來排隊獻花致哀，期間不少人啜泣，場面哀戚。

而安倍的弟弟、日本國防部長岸信夫，12日在兄長猝然離世後首度更新推特，並放上兩人合照悼念，悲痛不僅失去了哥哥，日本同時也失去了無可取代的領導者，「我的哥哥深愛日本，為了守護這個國家，他把性命賭在政治上，我們還存留於世的人都知道這點。」最後則表達對安倍晉三的謝意，「辛苦您了，謝謝。現在請您安息。」

葬禮現場不開放媒體入內，不過日本電視台仍以直升機捕捉到現場畫面，下午2點30分葬禮結束後，能見到一排身穿白色制服的軍人，以及一排政要整齊列隊，下午2點37分送走安倍晉三的靈車，安倍昭惠也坐在車上。

靈車一出增上寺，能看到兩側有許多民眾在路旁揮手致意，而在繞行沿途，也有許多民眾對安倍晉三的靈車大喊「謝謝您」，難掩激動情緒。安倍晉三的靈車預計將先繞往自民黨總部、議員會館，以及他以首相身分待了9年的首相官邸，再繞至國會議事堂周邊，最後的道別結束以後再前往火化場。

12日內閣會議結束後，日本外交部長林芳正在記者會上表示，我國副總統賴清德是出於「私人目的」訪日，林芳正強調日本原則上的立場，仍是在實務上維持與台灣「非政府間」的關係。另外，林芳正透露目前已經收到來自259個國家、地區或機構，超過1,700則的慰問，而這正是安倍晉三在任期間積極展開領袖外交，與各國、各地區建構起良好關係，所留下來的莫大實績。