搬出國安局長的身分當擋箭牌，陳明通對林智堅的論文風波避而不談，如今鄭文燦的論文也被撤銷，成為他第二個論文涉及抄襲的學生。台北市長柯文哲：「你同一個老師，這麼多學生抄襲，就是老師有問題（那像這個老師還可以當國安局長嗎）那就看小英的，沒有啦我跟你講，這個拖太久了。」

論文風暴再擴大，究責陳明通的聲浪也逐漸發酵，不只藍白齊轟，民進黨英系立委羅致政開第一槍，直指以陳明通現在政務官的身分而言問題很大，有必要考慮陳明通的去留。行政院長蘇貞昌：「相關學術的問題就由學術機關依相關的程序來處理，每一個人就自己的各種情勢有自己的判斷，我們都尊重。」

畢竟被陳明通指導過的學生可不少，在他擔任台大國發所所長20多年的時間，一共指導過173位碩博士生，包括前新竹市長林智堅、桃園市長鄭文燦、前國發會主委陳美伶、屏東縣長潘孟安都在內，還有民進黨立委邱志偉、郭國文、沈發惠和高嘉瑜。眼見林智堅、鄭文燦相繼落難，其他畢業生就怕被掃到颱風尾。

民進黨立委郭國文：「我論文的內容其實是公開的訊息，到處在圖書館也好、網路上也好，其實都可以下載，我希望這波論文事件能夠趕快告一個段落。需要被檢驗的，其實不只是民進黨的從政黨員。」論文爭議這把火燒向陳明通國安局長的烏紗帽，連他麾下的學生們人人自危。

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