第16屆台大管院營為期5天4夜，需提前報名並繳交8,300元費用，配合的住宿地點為青年旅宿，未料10日活動結束後，合作的青旅業者「米尼旅店」在臉書指控，表示營隊學生弄壞窗簾、公告板、置物層架等，業者表示，已提供公共區域開會、飲食，學生卻把食物帶進房間，造成環境髒亂。

業者還控訴，活動有簽約提供190人份住宿，但為了方便營隊安排房間，好心提供206人份住宿，且沒有另外接待其他客人，卻被活動單位要求額外的毛巾和備品，「為了換床單，故意誣告我們床單不乾淨」，甚至未售出的房間「被偷開房門做使用」，業者氣得直呼「請問基本的尊重在哪裡？」

面對指控，台大管院營發出兩點回應，第一、自10日退房後，就收到旅店針對環境整潔、設施損害索取賠償，強調「在當日活動結束後第一時間做回覆」，除了願意承擔賠償責任外，也坦言管理出現疏漏，營隊工作人員督導不周。

台大管院營表示，事後積極向旅店確認賠償金額及處理方式時，發現「雙方對於事實解讀有不少差距，造成溝通上的困難跟誤會」，也點出旅店在10日要他們靜候估價單後再也沒有任何回應，直到今（13日）午也沒收到估價相關訊息，為讓風波盡快落幕，台大管院營召部學生表示，期望旅店能儘速告知賠償金額及後續事宜。