《鏡週刊》5日報導，今年6月才接任衛福部祕書處長的許朝程，疑似和一名已婚的前同事陳女有婚外情，指出許朝程在擔任新北市衛生局副局長期間，就和陳女相識，雙方的關係延續至今，在今年10月30日、11月20日，還被拍到在車內獨處，並在車內撐傘，讓他人無法從擋風玻璃看見車內的狀況。

衛福部祕書長許朝程6日上午透過臉書發文，表示「針對報載內容，是我個人行為不當傷害了家人，也造成機關及長官的困擾，我要向太太、雙方家人以及工作同仁致歉，未來會謹守本分深刻反省，盼能求得原諒」。

許朝程第一時間向《鏡週刊》澄清，自己和陳女只是老同事，最近陳女為了學校的研究計畫到衛福部找資料，偶爾會到他辦公室借網路，下班後順路載陳女去搭車，並強調就算私下有聚會，也有其他共同友人在場，屬於正常的社交禮儀。針對此事，衛福部5日上午回應，表示許朝程在公務表現上主動積極，事件屬於私領域範圍不便評論。不料許朝程6日上午突然一改先前說法，無預警向妻子、雙方家屬致歉。