綜合日媒報導，日本航空透露，JAL516班機在擦撞後，又滑行約1公里才完全停止，當時駕駛艙內的機長等人沒有注意到飛機已經發生火災，不過機上空服員已經注意到飛機起火，空服員立刻大聲要乘客冷靜、坐下，由座艙長進到駕駛室通報。

一般情況下，空服員必須等到駕駛艙指令才能開啟緊急逃生門，不過班機上8個緊急出口已經有5個著火，前排附近的2個逃生口已經獲得駕駛艙指令開啟，並開始疏散乘客，但因對講機損壞，空服員無法跟前方的駕駛艙取得聯繫，緊急情況下，空服員決定不等指令，打開後排僅剩的逃生口讓乘客儘快逃生。

乘客逃生時也被要求不要攜帶行李，加快逃生速度，而飛機上逃生情況之一，就是在無法接收機長指令時，原則上聽從受過安全訓練的空服員做決定，在空服員的協助下，最終機上378人全數疏散，機長是最後離開班機的人，日航也指出，全機乘客安全疏散的原因，是空服員能在檢查乘客安全的同時，自主做出正確決定並行動。

日航駕駛員在事件發生後接受調查，駕駛員表示，2架飛機在跑道上擦撞，但他們接近跑道準備降落時，沒有看見海上保安廳的飛機，當時駕駛艙內的3位機組人員都沒有看到，所以才沒有考慮重新降落，不過有一人表示，在擦撞前一刻才看到有東西在跑道上。目前美國國家運輸委員會已經派人抵達日本，於昨（3日）展開全面調查。

另外根據日本國土交通省3日公布，事發前4分鐘塔台和2架飛機的通話紀錄，塔台先下達海上保安廳飛機行駛到C跑道外，保安廳飛機複誦確認，不過並沒有要保安廳飛機進入跑道或起飛許可，接著塔台同時給予日航JAL516可以進入跑道的許可，這和保安廳飛機機長的說法不同，機長表示當時他們已經獲得起飛許可。