台灣12至17歲青少年9月接種第一劑BNT疫苗，至今已超過4週，指揮中心1日表示，第二劑接種規畫仍待ACIP（衛生福利部傳染病防治諮詢會預防接種組）委員進行評估，並發放意願調查，最快的施打時間會在1個月後。
中研院研究員何美鄉2日發文指出，根據指揮中截至目前公布的數據，在沒有台灣此年齡層預期的心肌炎背景值的情況下，至少可說台灣青少年施打第一劑疫苗後心肌炎的粗發生率為美國青少年的2倍，「台灣的專家們，也說利大於弊，但從來沒有提出台灣利與弊的數據分析，以供家長們參考。」
對此指揮中心發言人莊人祥表示，心肌炎個案數據透明，每週都會更新並向外界說明。截至10月27日，12至21歲接種BNT後發新生心肌炎共計19例，分別為16男、3女，其中17人已出院、1例住院中、1人門診追蹤，18人屬於輕症，其中12到17歲有16例，分別為13男3女，換算後12至17歲男性發生心肌炎機率，為每百萬人22.5人，女性則為每百萬人5.5人。
莊人祥指出，美國與台灣的通報方式不同，台灣使用大數據監測，美國則每個個案都會進行病例審查，「分子」的部分會比較嚴格，所以發生率也比較少，各國家不同通報的敏感度，都會影響整體數值，至於青少年是否接種第二劑BNT，會將數據提交ACIP委員討論後決定。
