公民團體大聲疾呼：「國家重點領域研究院，不要兩岸清華一家親。」要清華大學說清楚，和有中國政府背景的清華海峽研究院有何關係。教育部在8日要求清華海峽研究院撤出清大校園，教育部長也說話了。
教育部長潘文忠表示：「以此次的事件來看，第一個學校跟相關的辦理主體，並未依兩岸人民關係條例提出申請，而實際的作為，是以中國相關黨政軍所組成的組織，來做相關的合作事宜，我想學術自由不能牴觸法律，這樣的一個前提。」
清大連發兩則聲明，指出從未以校方立場參與或推動清華海峽研究院的工作，公民團體則說清大早就知情。
從公民團體提供的照片，2016年清華海峽研究院揭碑時，當時的清大副校長吳誠文就在場，清大認知與心智科學中心進駐海峽研究院空間，2019年中國清大訪台，中國清大副校長王希勤和台灣清大現任校長賀陳弘，都有到訪在台灣清大校園內的清華海峽研究院。
清大校方在這起事件中，到底只是租場地給研究單位的房東，還是參與其中推動兩岸合作仍在調查中。
前教育部長曾志朗表示：「因為（清大）這件事情引起，要去清查各個大學，那只要是不要去侵犯到學術自由，我覺得說教育部設這樣的限制，對台灣的形象而言，不是很好。」台灣的學術自由會不會成為中共滲透的破口，當中千絲萬縷的兩岸關係還得徹查。
