蔡英文頒發褒揚令給李應元，由家屬代為接受這份榮耀，遞過褒揚令時，家屬情緒滿是感動。
天生的外交官殞落，李應元因為癌症病逝，家屬舉辦喪禮，一切從簡，會場以白色鮮花布置，簡單而溫馨，沒設置靈堂，只有家祭，卻有立委助理到場想弔唁遭拒。李應元的家屬：「委員絕對不要來，來了大家會很難看。」立委助理第一次闖關遭攔不死心，立委本人劉建國再來試一次。
劉建國則表示：「我沒有聽過這種事情（家祭），請你不要講這種話。」李應元胞弟李宗明：「又來現場，穿著他的那個啊，競選背心，不要弄得這麼難堪，我跟他們主任講說，請委員不要來，委員如果堅持要來，大家會很難看。」
家祭遇到突發狀況，李應元胞弟面露無奈，只希望好好的送哥哥最後一程，總統也特別交代。李宗明：「剛剛總統要離開的時候跟我說，宗明，再來你嫂嫂跟2個侄兒，就交代你了。」
喪禮低調辦理，不願打擾各界，李應元的遺體火化後，預計12月2日植存於法鼓山金山環保園區，屆時開放讓民眾追思，永遠的黑名單鬥士，為民主奮鬥精神，留存在世人心中。
