這次公投包括核四重啟、反萊豬、公投綁大選、珍愛藻礁四議題，藍綠雙方都大力催票；不過警政署指出，統計至18日中午為止，全台共有7件違反選務事件。

這7件違規事件，台北市有2件，分別為撕毀公投票、攜出公投票至場外；台中市3件，包含有民眾不配合核對身分造成選務糾紛、撕毀公投票、30公尺內疑有干擾投票行為；以及新竹市有1件，民眾把公投票攜出場外；新竹縣有1件撕毀公投票的案件。

根據中央選舉委員會於臉書粉專發布的資訊，民眾不可故意撕毀公投票，否則將處以新台幣5,000元以上，5萬元以下罰鍰；也不得攜出公投票，否則將處以1年以下有期徒刑、拘役或科新台幣1萬5,000元以下罰金。

中央選舉委員會也指出，公投當天在投票所30公尺內、投票所內，不得有干擾、勸誘或妨害他人投票行為等，違者可處1年以下有期徒刑、拘役或科新台幣1萬5,000元以下罰金。