2016年由北京清大與廈門大學，成立的海峽研究院，在台灣清大設立新竹辦公室，看似學術交流，卻暗藏紅色滲透危機，當時副校長吳誠文參加揭牌儀式，隔年清大認知與心智科學中心，進駐海峽研究院空間，沒想到去年卻被踢爆，標榜培育創新科技的海峽研究院，不但具備中國官方背景，還疑似挖腳台灣高科技人才。

民進黨立委蔡適應：「(海峽研究院)透過中國對岸的指示，他在跟這些學校老師來做聯繫，允諾或者供其他的資源，把人和技術帶到中國去，他們在台灣的清華大學就在做這件事情，所以後來被強制關閉，那這樣的事情除了清華之外，它其實在其他學校也要開始做，複製這樣的行為，我們就是要避免這樣的情形發生。」

中國藉交流名義，遊走我法令模糊地帶，行政院把網織得更密，將《兩岸人民關係條例》與《國安法》一併修訂，其中《兩岸人民關係條例》第9條，原先只針對政務人員、縣市長、國安情報相關人士等，赴中須經過政府審查，修法後也把，受政府委託、補助、出資，從事國家核心關鍵技術人士，納入加以規範，違者可處200萬到1,000萬元罰鍰。（完整版請觀看影片）