為了預算案，國安局長陳明通深夜親赴立法院。民進黨團總召柯建銘vs.立法院長游錫堃（1／10）：「531主決議，好，來請（保留啦，絕對給你表決啦。）」國民黨團提案要求陳明通為指導學生林智堅論文惹出爭議，要他道歉並且下台。
國安局長陳明通（1／10）：「報告院長，我還是要說明一下，林智堅的案子確定是一個冤案，明天法院就要開議了，所有的證據包括曾銘宗委員和溫玉霞委員都看過，這是一個冤案，我在這裡必須說明，通過這樣的東西，我沒辦法接受謝謝。」陳明通態度堅定，林智堅一案是冤案，無法接受國民黨團提案要他道歉下台，民進黨團總召柯建銘忙緩頰，建議國民黨團撤案處理。
民進黨團總召柯建銘vs.國民黨團總召曾銘宗（01／10）：「531撤案現在已經先過，要開庭了（先保留。），明天要開庭了（沒關係，你先保留。）」面對陳明通強勢態度，在野黨可無法接受。國民黨團總召曾銘宗：「朝野協商的場合協商預算，他嗆什麼嗆？該下台的是他，趕快下台，嗆什麼嗆？嗆東嗆西，莫名其妙，趕快下台。」
時代力量黨團總召邱顯智：「他突然自己這樣講，那當然自己這樣講，其實當下我也是非常傻眼，你說林智堅是一個冤案，那冤枉的地方在哪裡你也沒講啊。」九合一大選後，論文門爭議仍餘波盪漾。
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